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Viroses respiratoires  [Modifier]
Introduction
 

Caractéristiques
 
Les infections du système respiratoire sont fréquentes et sont dues à de nombreux virus. Chaque année, ou presque, de nouveaux virus émergent.
Les virus transmis par voie aérienne trouvent un site privilégié de réplication au niveau des cellules épithéliales ciliées de l'arbre respiratoire.
 
L'infection peut rester limitée ou s'étendre à tout l'appareil respiratoire. Dans certains cas, les voies aériennes sont la porte d'entrée et le premier site de réplication du virus avant dissémination dans l'organisme et atteinte des organes cibles secondaires. Dans ces cas, le tableau clinique est souvent dominé par la pathologie de l'organe cible secondaire (exemple de la varicelle). 
 
Le tableau ci-dessous liste les virus rencontrés dans ces infections, avec leur sites d'infection privilégiés par ordre de fréquence. En vert sont indiqués les virus plus fréquents chez les enfants.
 
Dans le cas des virus enveloppés, fragiles, la transmission est directe, inter humaine et quasiment exclusivement par voie aérienne. Les conditions climatiques sont importantes dans la persistance du pouvoir infectieux avec un renforcement de ces infections en période hivernale.
 
 
 Syndromes
 Causes virales
 Caractéristique majeure
 Rhinites
 
 
 Pharyngites
  Rhinovirus
  Coronavirus
Metapneumovirus
  Adenovirus 
  Virus para-influenza
 Metapneumovirus
Virus influenza
  VRS
  EBV
  HSV
  Coxsackievirus A
  autres entérovirus
 
 Rhume commun
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 Laryngite
 Bronchite
 Bronchiolite
  Virus para-influenza
  Virus influenza
  VRS
 Metapneumovirus
Adénovirus
  Rougeole
  Rhinovirus
  Coronavirus
 
 
Bronchiolite du nourisson
 Pneumopathie
  Virus influenza
  Adénovirus
  VRS
Metapneumovirus
Coronavirus
  Virus para-influenza
  Rhinovirus
 Grippe
 
 
 
SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère)
 Pneumopathie 
dans contexte
particulier
  Rougeole
  Varicelle
  Cytomegalovirus
  Hantavirus
 

 


Clinique
 
Très fréquentes, ces infections sont pourtant le plus souvent asymptomatiques ou pauci symptomatiques. Elles peuvent toucher tous les étages de l'arbre respiratoire, limitées aux voies aériennes supérieures, naso-pharynx, larynx ou s'étendre par proximité aux étages inférieurs, bronches et poumon. Il peut donc s'agir de rhinite, le rhume commun, de laryngite, de bronchite ou bronchiolite et enfin de pneumopathie.
 
Elles évoluent souvent sur un mode épidémique, hivernal, comme par exemple pour la grippe ou le virus respiratoire syncitial, VRS.
 

Diagnostic
 
Le diagnostic de certitude des infections respiratoires est difficile du fait de la multiplicité des virus possibles et du grand nombre de sérotypes ou génotypes pour certains de ces virus, et de la difficulté de la culture virale.
La bénignité de la plupart de ces infections et l'absence de traitement spécifique dans la majorité des cas font que le diagnostic biologique des infections respiratoires virales est rarement effectué en dehors de circonstances particulières et de laboratoires spécialisés.
 
Le diagnostic est surtout direct, mise en évidence de l'agent infectieux, antigènes ou génomes. Le diagnostic indirect, recherche d'anticorps, est de peu d'intérêt dans ces pathologies.
 
Pour le diagnostic, la qualité du prélèvement est primordiale ainsi que la rapidité de mise en culture des prélèvements pour l'isolement des virus.
Prélèvements de cellules épithéliales cylindriques ciliées par écouvillonage des fosses nasales postérieures, sécrétions trachéo bronchiques ou lavage broncho-alvéolaire. Les prélèvements au niveau du pharynx, gorge et amygdales, ne sont pas appropriés. L'écouvillon doit être placé dans un dispositif de transport avec conservateur qui permet la mise en culture et la détection des antigènes par technique immunologique ou celle des génomes viraux par biologie moléculaire (PCR et RT-PCR), (voir fiche technique prélèvement éditée pour la grippe A(H1N1), la partie technique d'écouvillonnage s'applique pour tous les virus).

 


Les virus des infections respiratoires
 

 
Nous ne considérons dans le cadre de ce cours que les principaux virus à tropisme respiratoire. Les virus dont la porte d'entrée est le tractus respiratoire avec dissémination et atteinte d'autres organes seront étudiés séparément.

Rhinovirus

Le virus (voir fiche)
Virus nu, relativement résistant dans le milieu extérieur, transmission aérienne mais aussi manuportée ou indirecte.
Les notions clés
Les pathologies
Rhume commun, mais aussi bronchiolite chez l'enfant (deuxième cause après le VRS) avec exacerbation d'un asthme sous jacent et pneumopathie chez le sujet agé ou immunodéprimé.
Diagnostic
Biologique non usuel. Pas de diagnostic direct antigénique mais RT-PCR sur zone conservée en région 5' non codante du génome. Culture, faible rendement. Prélévement naso-pharyngé ou lavage broncho-alvéolaire dans les formes compliquées. 
Traitement
Symptomatique.
Anti-viraux, inhibiteurs d'entrée et de protéase, en cours d'évaluation. Sans indication actuellement.
 
 Adénovirus
 
Le virus (voir fiche)
 Virus non enveloppé, très résistant dans le milieu extérieur, transmission directe et indirecte. 51 sérotypes.
Tropisme respiratoire mais aussi intestinal et occulaire. Agents fréquents d'infections respiratoires, de diarrhées aiguës épidémiques chez l'enfant et d'atteintes oculaires (conjonctivites) épidémiques, nosocomiales. Grave chez l'immunodéprimé. Latence possible.
Les notions clés
Les pathologies
Atteintes respiratoires
Hautes: pharyngites souvent associées à rhinites et conjonctivites, parfois associées à des diarrhées brèves.
Pneumonies sévères possibles chez enfant et adulte avec manifestations extra pulmonaires 
Atteintes oculaires
conjonctivites souvent associées à rhinite pharyngite,
kérato conjonctivites épidémiques (sérotype 8)
Atteintes intestinales
diarrhées aiguës épidémiques de l'enfant (sérotypes 40, 41), peuvent durer une dizaine de jours avec vomissements, risque adénite mésentérique avec invagination intestinale.
Chez l'immunodéprimé
souvent réactivation de virus latents dans le tissu lymphoïde. Localisations multiples, atteinte neurologique.
Diagnostic
Prélèvements
au niveau des symptômes, naso-pharyngés, lavage broncho alvéolaire, selles, liquide céphalo-rachidien.
Méthodes
Diagnostic direct: antigène conservé pour tous les adénovirus (hexon de la capside), technique d'agglutination de particules de latex, immunochromatographie, Elisa surtout pour les diarrhées car forte concentration virale. Sensibilité faible pour les prélèvements respiratoires. Biologie moléculaire (PCR) en cours d'évaluation. Culture virale.
Interprétation
circonspecte, possibilité de détecter des virus latents (PCR) non responsables de la pathologie observée.
Traitement 
Pas de traitement approuvé, Cidofovir ?

Coronavirus
 
Le virus (voir fiche)
Le SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère) est la première maladie grave et transmissible à émerger en ce XXI° siècle. L'épidémie, partie de Chine fin 2002, a éclaté au niveau mondial en 2003 faisant plus de 8000 cas et près de 800 morts. Grâce à une mobilisation internationale sans précédent, motivée par l'alerte mondiale déclenchée le 12 mars 2003 par l'OMS, l'épidémie a pu être endiguée par des mesures d'isolement et de quarantaine. De même, l'agent causal du SRAS, un coronavirus totalement inconnu, a pu être rapidement identifié. Plus récemment en 2012, un nouveau coronavirus a été identifié, responsable de quelques dizaines de cas avec une mortalité proche de 50%. Ce virus a été d'abord indentifié au Moyen Orient et a été appelé MERS-Coronavirus (pour Middle East Respiratory Syndrome). Récemment des cas d'infection à MERS-CoV ont été identifiés en Asie (Corée) faisant craindre une expansion de l'épidémie. La transmission interhumaine n'a pas été démontrée actuellement de façon certaine.
Depuis, de nombreuses recherches ont été menées qui ont identifié encore deux autres nouveaux coronavirus et précisé la place de ces virus humains et animaux dans les pathologies respiratoires. Ces virus sont classés en trois groupes, 1, 2 et 3. Les virus infectant l'homme appartiennent aux groupes 1 et 2. Le virus du SRAS, le SARS-CoV, n'est pas encore classé. Le plan gouvernemental de surveillance épidémiologique et de prise en charge des infections à MERS-CoV est disponible sur le site du ministère de la santé qui donne aussi les liens avec l'OMS. Les dernières recommandations datent de juin 2015.
Les notions clés
Pathologie
Infections respiratoires:
hautes, deuxième cause de rhinites épidémiques saisonnières (printemps hiver)
pneumopathies: possibles pour les type 1 et 2, parfois graves chez l'immunodéprimé. 
Depuis 2003, il n'y a pas eu de cas de SRAS documenté.
Autres pathologies:
digestives chez l'animal, isolé parfois des selles chez l'homme sans pathologie associée
neurologique, infection persistante du SNC chez la souris, modèle de sclérose en plaque; inconnu chez l'homme (mais détecté chez 50% des personnes post mortem)
Diagnostic
Prélèvements:
naso-pharyngé, lavage broncho-alvéolaire. En cas de suspicion de SRAS, voir les documents officiels sur le site du ministère de la santé
Méthodes:
diagnostic direct, recherche d'antigène (immunofluorescence) ou génome viral (RT-PCR, laboratoires spécialisés)
diagnostic indirect sérologique non disponible
Traitement
Pas de traitement spécifique ou préventif

Virus respiratoire syncytial, VRS
Famille Paramyxoviridae, sous-famille Pneumovirinae genre Pneumovirus, espèces VRS A et B
 
Le Virus (voir fiche)
Le VRS est un agent majeur de viroses respiratoires, responsables de la bronchiolite du nourrisson, fréquente, parfois sévère avec un retentissement respiratoire ultérieur. Virus enveloppé, fragile à transmission principalement aérienne. 
Les notions clés
Pathologies
Bronchiolite du nourrisson: 
Primo-infections à VRS surviennent précosément dans la vie.
50 à 90% des bronchiolites du nourrisson sont dues au RSV. Commencent souvent par une rhinite avec toux, dyspnée obstructive avec râles sibilants, Fièvre inconstante et modérée. Evolution souvent favorable en 10 jours. Risque d'asthme avec séquelles. Graves chez le prématuré et avant quatre mois. Mortalité de 0.005 à 0.2%.
Physiopathologie: réaction inflammatoire importante au niveau des bronchioles, broncho-constriction, et sécrétion muqueuse importante, épaisse.
Pneumonies plus rares chez enfant, chez adulte (agé) et immunodéprimé.
consulter les recommandations opposables:
ANAES, URML - Prise en charge de la bronchiolite du nourrisson (Conférence de consensus - 21 septembre 2000)
Diagnostic
Prélèvements : importance majeure du mode de prélèvement des cellules ciliées épithéliales; écouvillonnage fosses nasales postérieures (éventuellement avec lavage) ou mieux chez le nourrisson, aspiration par sonde diamètre suffisant avec pompe. Transport rapide ou avec milieu protecteur.
Direct: techniques détection antigènes par immuno-fluorescence, Elisa, immuno-chromatographie. Détection génome viral par RT-PCR en développement. Culture virale difficile.
Indirect: peu d'intérêt
Traitement
pas de traitement spécifique, soins locaux principalement. 
pas de vaccin 

Metapneumovirus
 Famille Paramyxoviridae, sous-famille Pneumovirinae genre Metapneumovirus, espèce Metapneumovirus
 
Le virus (voir fiche)
Le virus appartient à la même famille des Paramyxoviridae que les virus para-influenza et sous famille des Pneumovirinae que le VRS mais au genre Metapneumovirus qui comprend de nombreux autres virus animaux, aviaires notamment. Il partage avec le VRS et les para-influenza les mêmes caractéristiques de fragilité et de transmission. Deux sous groupes A et B. Epidémies hivernales. 
Les notions clés
Pathologies
Respiratoires hautes: 10 à 20% des infections chez l'enfant, rhinites, pharyngites
Respiratoires basses: 3ème cause de bronchiolite du nourrisson (mais non impliqué dans l'asthme comme le RSV); pneumopathie de l'adulte
Diagnostic
Prélèvements: voir VRS
Direct: recherche d'antigènes viraux par immunofluorescence ou Elisa; détection génome viral par RT-PCR
Indirect: peu d'intérêt
Traitement 
pas de traitement spécifique ou vaccin

Virus para-influenza
Famille Paramyxoviridae, sous-famille Paramyxovirinae genre Paramyxovirus ou Respirovirus, espèces Virus para-influenzae 1 et 3
Famille Paramyxoviridae, sous-famille Paramyxovirinae genre Rubulavirus, espèces Virus para-influenzae 2 et 4, Virus des oreillons
 
Le virus (voir fiche)
Les virus para-influenza 1 à 4, PIV-1, 2, 3 et 4, appartiennent à la famille des Paramyxoviridae comme le virus respiratoire syncytial et le metapneumovirus mais à la sous famille des Paramyxovirinae. Ils se partagent dans deux genres les Respirovirus (PIV-1, 3) et les Rubulavirus (PIV-2, 4).
Sont donc des virus enveloppés, fragiles qui partagent de nombreuses particularités avec le VRS et le metapneumovirus. Ils évoluent par épidémie, endémie hivernale pour le PIV-3, le plus fréquent, ou par petites épidémies tous les 2 à 3 ans pour les PIV-1 et 2.
Les notions clés
Pathologies
ressemblent aux pathologies induites par le VRS ou le metapneumovirus.
La primo-infection à PIV-3 survient précocemment dans la vie comme pour le VRS. Réinfections possibles. 
Pathologies plus souvent limitées aux voies respiratoires hautes. Bronchiolites et pneumonies moins fréquentes que pour le VRS et moins sévères.
Diagnostic
voir VRS
isolement du virus difficile, culture difficile et lente sur lignée LLC-MK2, forme des syncytia.
Traitement
pas de traitement spécifique ni de vaccin actuellement

Virus influenza
 
Pour la grippe voir la fiche du virus ainsi que le diaporama présenté en cours.
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